Stone3 В Qubes OS можно Net qube выставить sys-whonix для AppVM просто
Да. Это и есть прозрачный прокси. В sys-whonix tor принимает соединения на определённом порту, Dom0 перенаправляет на него трафик от нужного куба. И в остальных системах принцип тот же. Tor принимает соединения на каком-то интерфейсе:порту в режиме TransPort а firewall перенаправляет на него трафик.